Atlas
Petit atlas de la repartition du Courlis cendré Numenius arquata sur le site fonctionnelle de la Réserve Naturelle de Moëze-Oléron
SINOQUET Anne & ROBIN Frédéric
compilé le 2022-08-03
Abstract
L’utilisation de balises GPS sur les oiseaux connait un essor dans le monde de la recherche et de la conservation. La miniaturisation permet d’équiper des oiseaux de plus en plus petits. Depuis 2015, la LPO en collaboration avec les équipes de chercheurs du LIENSs (CNRS-Université de La Rochelle) et celles du MNHM, équipe des oiseaux limicoles de GPS pour mieux comprendre l’utilisation spatiale du site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron. La haute fréquence d’enregistrement de localisation aboutie a un gonflement important des bases des données et irrémédiablement à la difficulté de visualiser les données globalement. Ce travail traite cartographiquement la localisation des Courlis au cours du cycle annuel, considérant le rythme des marées, leur amplitude et le cycle jour/nuit.
Table des matières
Contexte
Ce document est un document d’accompagnent de la ressouce cartographique sur la répartition des Courlis cendré Numenius arquata sur le site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron (latitude : 45.9, longitude : -1.15).
Ce travail repose sur la capitalisation de données de GPS miniaturisés fixés sur des Courlis cendrés (Numenius arquata) dans le cadre du programme de Baguage CRBPO PP366 de la réserve naturelle (contact Pierre ROUSSEAU) et les collaborations avec les programmes de recherche sur les limicoles LIMITRACK https://limitrack.univ-lr.fr/ du laboratoire LIENSs (responsable Pierrick BOCHER) https://lienss.univ-larochelle.fr/Presentation-281 et du CESCO (responsable Frédéric JIGUET) http://cesco.mnhn.fr/fr .
Les rendues cartographiques reposes sur 40 individus et environ 618 milliers de points entre 2015 et 2022. Les localisations précises sont traitées au regard des marées et de la journée (jour/nuit). Seules les données caractérisant une vitesse inférieure à 0.5 km/h ont été utilisées pour limiter les données des oiseaux en déplacement. Dans le but de limiter les valeurs parasites liées aux déplacements des oiseaux, sont retenues les données présentant un interval d’acquisition inférieur à 0.5 km/h pour la cartographie des localisations (points chauds) puis inférieur à 0.25 km/h pour les domaines vitaux (kernels).
Matériel et Méthodes
Les données ont été représentées sous deux formes.
1. Cartographie de points chauds sur une maille de 10x10m (gradient du jaune au rouge), les occurences de présence d’individus on été sommées en densité de points, puis transformées (log) afin de faciliter la lecture de la cartographie.
2. Enveloppe des domaines vitaux, traités individuellement via des kernels 95% (zone de présence globale) et 50% (zone principale de présence), chacune des enveloppe individuelles ont été fusionnées afin de représenter un kernel pour l’espèce.
Les conditons étudiées
Le cycle jour/nuit : le jeu de données a été découpé sur la base des heures d’éphémérides du lever et de coucher du soleil.
Les rythmes tidaux : le jeu de données a été stratifié sur la bathymétrie disponible via Litto3D de Géoportail et les hauteurs d’eau disponibles sur le Service hydrographique et océanographique de la Marine (SHOM).
Amplitudes tidales : pour distinguer les marées de hautes amplitudes des marées de faibles amplitudes, un seuil de 2.3m (calculé sur la base du zéro terrestre, équivalent + 3,57m du zéro hydrographique) a été retenu. Ce seuil subjectif repose sur le dire d’experts, la vasière intertidal n’étant plus disponible pour l’espèce.
Le cycle migratoire : le jeu de données a été découpé en 4 périodes : retour de migration post-nuptial (août-octobre), hivernage (novembre-janvier), préparation migration pré-nuptial (février-avril), estivage (mai-juillet).
NB : le jeu de données utilisé pour les analyses regroupe les individus équipés d’une balise avec une occurence d’envoie de données supérieure à 2 sorties GPS par heure, renvoyant des calculs de vitesse plus proche de la réalité.
Ce document a été compilé sur R version 4.0.5. Les analyses kernel se basent sur le package adehabitatHR selon la méthode Least-square cross validation. Les cartes ont été produites via le package leaflet sur le fond ortho “HR.ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS” disponible sur l’IGN. La version HTML de ce domcument permet de naviguer sur les emprises du périmètre d’étude.
Cartographie
Cartographie générale
Vue d’ensemble sur les sites d’intérêt (n = 40, données = 618072)
Zoom sur Ile madame
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Estuaire
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Sud Estuaire
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Nord Reserve
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Reserve
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Sud Reserve
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Baie sinche
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Fort Royer
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Arceau
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Doux
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Nord Viaduc
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Sud Viaduc
Densité
0123456
Leaflet | © OpenStreetMap contributors, CC-BY-SA, IGN-F/Géoportail
Zoom sur Brouage
Cycle jour/nuit
Vue d’ensemble de la répartition des individus au cours de la journée (blanc, n = 24 individus, données = 327895) et de la nuit (noir, n = 24 individus, données = 290144)
Jour Nuit
Jour
Aout-Octobre Novembre-Janvier Février-Avril Mai-Juillet
Nuit
Aout-Octobre Novembre-Janvier Février-Avril Mai-Juillet
Marées
Répartition des individus à marée basse (bleu clair, n = 24 individus, données = 203447) et à marée haute (bleu foncé, n = 24 individus, données = 287547)
Marée basse Marée haute
Marée basse
Aout-Octobre Novembre-Janvier Février-Avril Mai-Juillet
Marée haute
Aout-Octobre Novembre-Janvier Février-Avril Mai-Juillet
Coefficients de marée
Répartition des individus à marée haute de faible coefficient (bleu, n = 24 individus, données = 154650) et de fort coefficient (violet, n = 24 individus, données = 25355)
Marée haute de petit coefficient Marée haute de grand coefficient
Petit coefficient
Aout-Octobre Novembre-Janvier Février-Avril Mai-Juillet
Grand coefficient
Aout-Octobre Novembre-Janvier Février-Avril Mai-Juillet
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